Výskyt pohlavně přenosných nákaz po přepočtu na 100 tisíc obyvatel v Praze velmi výrazně překračuje průměr České republiky. Obdobně jako u hepatitidy typu C je to z důvodů ponejvíce sociálních, kdy v Praze dochází ke kumulaci obyvatel žijících rizikových způsobem, včetně rizikového sexuálního života. Ačkoliv u těchto nemocí nemusí být cesta přenosu vždy jen pohlavním stykem, jedná se o nejčastější způsob infekce. Zejména u kapavky je také potřeba mít na paměti, že pravděpodobně většina případů uniká ze systému povinného hlášení, protože nemocní se léčí sami a nevyhledají lékaře.
V absolutních počtech je v Praze hlášeno v posledních letech kolem 300 případů syfilis ročně a kolem 500 případů kapavky.
Pokud se týká infekce HIV-AIDS, také u této choroby platí, že výskyt v Praze vysoce překračuje průměrný výskyt v celé České republice. Počet zjištěných HIV pozitivních případů v Praze představuje po dobu sledování této nemoci téměř polovinu ze všech potvrzených případů v celé ČR. V absolutních počtech bylo v roce 2020 potvrzeno v Praze 96 nových případů HIV pozitivních osob.